Andrea Beghetto è nato a Perugia nel 1994: è figlio di Massimo Beghetto, ex calciatore, e nipote di Giuseppe Beghetto, ex pistard campione olimpico. Inizia la carriera calcistica come centrocampista centrale o terzino sinistro, ma tuttavia negli anni trova da centrocampista di fascia sulla corsia di sinistra la sua collocazione migliore, essendo un calciatore duttile tatticamente è anche dotato di una buona resistenza fisica e grazie alla sua ottima capacità di corsa può essere impiegato anche come ala offensiva. Bravo tecnicamente, si dimostra efficace sui calci piazzati, ed inoltre possiede un buon dribbling ma soprattutto è molto abile nell’effettuare cross ed assist per i compagni.
Nato in Umbria durante la militanza del padre nel Perugia, cresce calcisticamente nel settore giovanile del Montebelluna e quindi del Padova. Nell’estate 2013 si trasferisce in prestito al Bellaria Igea Marina società di Lega Pro Seconda Divisione. Nell’estate 2014 passa all’Este militando in Serie D dove disputa una grande stagione giocando 36 partite andando a segno 12 volte in campionato, la metà di queste segnature direttamente dal dischetto. Nell’estate 2015 viene acquistato dalla Spal giungendo a fine stagione alla promozione in Serie B.
Nella stagione successiva, il 27 agosto 2016 fa il suo debutto in Serie B con la società estense, nella partita in trasferta contro il Benevento subentrando al 71’ al posto dell’ex Grigio Luca Mora. Nel gennaio 2017 si trasferisce per circa 1,5 milioni di euro, al Genoa dove firma un contratto fino al giugno 2021. Il 2 aprile dello stesso anno fa il suo esordio in Serie A entrando al 72’ al posto di Darko Lazović, nella partita interna persa 5-0 dai rossoblù contro l’Atalanta.
Esordisce da titolare in massima serie il 7 maggio 2017 nella vittoria per 1-0 contro l’Inter importante in chiave salvezza. Nel luglio 2017 viene ceduto in prestito con obbligo di riscatto in caso di promozione in Serie A al Frosinone, dove il 2 dicembre seguente va a segno per la prima volta in Serie B nel 3-3 interno contro il Cesena. Al termine della stagione – sotto la guida di Mister Moreno Longo – vista la conquista della massima serie dopo la vittoria dei playoff, viene riscattato dai ciociari.
Tornato in Serie B a causa della retrocessione con il Frosinone, torna al gol nella gara vinta contro l’Empoli per 4-0 e si ripete nella gara vinta per 2-0 contro la Juve Stabia.Il 31 gennaio 2021 viene ceduto in prestito al Pisa. Riscattato a fine stagione dai toscani, viene ceduto a titolo definitivo all’Alessandria.